收集到關都八個道館徽章的小智與他的同伴，某日，和海盜風格的訓練家(臺譯：美國男)戰鬥完後，忽然收到快龍送來的信，內容說是要邀請他們和“全世界最強的訓練家”會面，地點是新島的神奇寶貝城，他們就毫不遲疑的前往。然而這其實是被人類以複製方式所創造出的神奇寶貝—超夢為了報復，所設下的陷阱。而這時，在亞馬遜叢林的深處，夢幻也感受到超夢的存在而甦醒，一場“本尊”和“分身”間的戰爭即將展開.....。